Không ít loài trong số này đang đứng trước nguy cơ tuyệt chủng. Với nỗ lực bảo vệ nguồn lợi thủy sản, Chi cục Thủy sản đã phối hợp với phòng NN&PTNT các huyện, TP, tổ chức, đoàn thể tuyên truyền, vận động nhân dân thực hiện các chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước về công tác này. Đồng thời, phối hợp với chính quyền địa phương, lực lượng an ninh kịp thời ngăn ngừa, nhắc nhở các hành vi gây tổn hại đến môi trường và nguồn lợi.
Thời gian qua, công tác tuyên truyền, phổ biến Luật Thủy sản đã được triển khai tích cực thông qua các cuộc truyền thông, tập huấn, giới thiệu Luật và các văn bản hướng dẫn thi hành, đặc biệt là Chỉ thị 01/1998/CT-TTg ngày 2/1/1998 của Thủ tướng Chính phủ về nghiêm cấm, sử dụng chất nổ, chất độc, xung điện để khai thác thủy sản. Trong 5 năm (2007- 2012), toàn tỉnh đã mở được 17 lớp tập huấn với 860 lượt học viên. Nhân ngày môi trường thế giới hàng năm, Chi cục Thủy sản phối hợp tổ chức mít tinh, vận động nhân dân chung tay BVMT, bảo vệ nguồn lợi thủy sản bằng các hành động cụ thể như thu gom rác thải ở chân cảng Bích Hạ, cắm biển BVMT, bảo vệ các loài thủy sản đang có nguy cơ cạn kiệt.
Tổ điều tra, khảo sát của Chi cục đã phối hợp với các địa phương trong tỉnh, nông - ngư dân khai thác thủy sản xác định được 24 bãi đẻ cá tự nhiên của 4 nhóm tham gia đẻ trứng hang hốc và nhóm cá đào hố đẻ, ấp trứng trong miệng. Trên cơ sở đó, xây dựng bản đồ quy hoạch các bãi cá đẻ tự nhiên trên địa bàn. Đồng thời, tiến hành điều tra, khảo sát bổ sung và khoanh vùng cắm biển cấm khai thác theo mùa vụ cá đẻ nhằm bảo vệ và tái tạo nguồn lợi thủy sản vốn có của địa phương. Tổng số có 10 biển cấm gồm suối Doi, suối Ké - xã Hiền Lương, suối Trạch - xã Vầy Nưa, cửa suối Hạt - xã Yên Hòa, cửa suối Chông - xã Đồng Ruộng (Đà Bắc), khu Vật Mang, thung Bang - xã Thung Nai (Cao Phong), đảo bản Mu, cửa suối Ngòi Hoa - xã Ngòi Hoa (Tân Lạc) và cửa suối Rút - xã Phúc Sạn (Mai Châu).
Trong 2 năm 2011, 2012, Chi cục Thủy sản đã phối hợp với xã Thung Nai (Cao Phong), xã Hiền Lương (Đà Bắc) tổ chức phát động phong trào bảo vệ nguồn lợi thủy sản và tiến hành thả cá giống bổ sung nguồn lợi trên hồ. Năm 2011, tại bến cảng Thung Nai đã thả 12.000 cá giống chày mắt đỏ với kinh phí 36 triệu đồng. Năm 2012, tại bến Hiền Lương đã thả 1.000 con cá giống lăng chấm, 14.000 con chày mắt đỏ, 870 con bỗng và 400 kg mè trắng, mè hoa với tổng kinh phí hơn 130 triệu đồng. 10.000 con giống cá chày mắt đỏ cũng được Chi cục phối hợp với HTX dịch vụ SX-KD nông-lâm-ngư xã Thống Nhất (TPHB) bổ sung cho vùng hồ.
Theo ông Hoàng Văn Son, Chi cục trưởng Chi cục Thủy sản tỉnh, bằng tuyên truyền, phổ biến và nỗ lực của các cấp, ngành trong công tác phối hợp, tình trạng suy giảm nguồn lợi thủy sản đã từng bước được cải thiện. Tuy nhiên, để quản lý, bảo vệ nguồn lợi ngày một tốt hơn cần tăng cường hơn nữa việc tuyên truyền, phổ biến Luật Thủy sản và các văn bản dưới luật cho người dân, nhất là các ngư dân có hoạt động nuôi, khai thác thủy sản. Huy động nguồn lực từ các chương trình, dự án để nguồn lợi thủy sản được bổ sung một cách thỏa đáng.